アグロフォレストリーは環境だけでなく、その環境があることで、生き物を守る役割も兼ね備えています。実際にアグロフォレストリーを用いて、生き物との共存に働きかけるプロジェクトがボルネオ島で行われました。

以前の武田瑞季が行く！ボルネオの自然編で、ボルネオ島ではオイルパーム農園の開発により、オランウータンが絶滅の危機にあることを話しました。そこで、2020年5月から2023年4月まで、ボルネオオランウータンサバイバル(BOS)財団とBOSドイツ(BOS Deutschland)、フェアベンチャーズワールドワイド(FVW)により、混合アグロフォレストリーシステムの下で人間とオランウータンの軋轢を緩和するプログラムが実施されました。農家の脅威として射殺されてしまうことがあるオランウータンですが、野生のオランウータンは攻撃的ではなく、邪魔されなければ人間に危害を与えません。アグロフォレストリーがオランウータンの住む森と人が住む場所の緩衝帯となり、オランウータンの射殺と農家の損失を最小限に抑えることができれば、軋轢を緩和することができるのではないかと考えられています。
また、BOS財団の調査によると、荒廃地でアグロフォレストリーを造設したところ、森林の復活に伴い、137種の鳥類(5種から増加)と9種の霊長類を含む野生生物が再出現し始めたとのことです。